Organski i neorganski pigmenti razlikuju se na osnovu njihovog porekla i hemijskih svojstava.
Izvor: Organski pigmenti se ekstrahuju ili sintetiziraju iz životinja, biljaka, minerala ili umjetno sintetiziranih organskih spojeva. Neorganski pigmenti se ekstrahuju ili sintetiziraju iz ruda, minerala ili sintetičkih anorganskih spojeva.
Hemijska svojstva: Molekuli organskih pigmenata obično se sastoje od složenih struktura koje sadrže ugljik, a njihova boja je određena hemijskom strukturom organskog jedinjenja. Molekule neorganskih pigmenata obično se sastoje od neorganskih elemenata, a njihova boja je određena svojstvima i strukturom elemenata.
Stabilnost: Neorganski pigmenti su generalno stabilniji od organskih i otporniji na svetlost, kiselinu, alkalije i toplotu. Organski pigmenti se mogu razgraditi ili promijeniti boju pod određenim uvjetima. Raspon boja: Zbog razlika u njihovoj hemijskoj strukturi, organski pigmenti generalno imaju širi raspon boja, omogućavajući živopisnije boje. Neorganski pigmenti imaju relativno uzak raspon boja. Područja primjene: Organski pigmenti su pogodni za boje, boje, plastiku, papir i druga polja. Neorganski pigmenti se široko koriste u keramici, staklu, pigmentima, premazima i drugim poljima.

Treba napomenuti da i organski i anorganski pigmenti imaju svoje prednosti i karakteristike, a izbor pigmenta koji će se koristiti ovisi o specifičnim potrebama primjene i željenom efektu.